Inzwischen ist ja wieder ein wenig Zeit vergangen und da muss ich doch mal wieder die neuen Erkenntnisse zusammenfassen.
1) Baustelle "Anspringen" (Da können die Leuts die am Harzring waren schön lästern, so besch... wie dir dort ansprang):
Die Ursache war simpel: Die cranking table war im Bereich "warmer Motor" schlicht zu fett. Ich hatte die nach dem Umbau auf die CBR Düen und mit den neuen Zylis ziemlich fett gestellt und "kalt" sprang sie damit super an.
Dummerweise braucht sie schon wenn sie ur wenige Sekunden gelaufen ist wesentlich weniger Sprit. Also habe ich jetzt sehr kleine Werte (ca. 2 ms bei warm und a. 4-5 ms bei kalt) und zusätzlich das so genannte first start enrichment aktiv. Wenn man 3x Gas gibt macht er es 80% fetter und damit springt sie dann kalt auch gut an.
2) Das Ruckeln um 4500: Auch wieder so ein ein Eigentor. Ich hatte irgendwann mal in geistiger Umnachtung die Vollgas-Position für die VCDI so eingestellt, dass die schon bei Halbgas erreicht wurde. So dachte die VCDI schon bei 15% Gas dass es 80% wären; das war zuviel des guten

Jetzt wird die Vollgas-Zündkurve erst ab 80% Gas gefahren und somit ist untenrum das Kennfald mit dem stark Abgesenkten Zündwinkel auch wirklich aktiv.
Und siehe da es läuft auch wirklich viel besser. Hab dann heute nochmal einen Lambda-Log gefahren und durch den optimierer gejagt, was es bei Teillast noch etwas verbessert hat.
3) Vollgas im Stand: Versuche mit den mittelweichen Federn brachten nix. MAP-Log war auch nicht wirklich hilfreich, außer dass ich festgestellt habe, dass Vollgas geben die Aussendruck-Azeige beeinflusst hat, was die barometric correction hat ansprechen lassen.
Die habe ich daraufhin erstmal deaktiviert, damit sie nicht stört.
Ich vermute immer noch dass die Schieber hier anfangen zu zittern oder sonstwie Mist machen.
Eine Möglichkeit (wenn das stimmt) wäre die Suzuki GSXR-Throttle Bodies zu nehmen. Die haben nämlich keinen Schieber, sondern eine zweite Drosselklappe. Die kann man dann z.B. über ein PPV ansteuern.
Also was für die Grundlagen-Forschung

4) Ein neues Problem: Ist im Normal-Betrieb nicht aufgefallen, weil man dort nie fährt.
Und zwar wenn man mit sehr kleiner Gassellung und hoher Drehzahl fährt (Kennfeld "unten rechts") ist der Motor kurz "Weg" - wenn man Gas weg nimmt und wieder gibt, geht es wieder.
Was ähnliches hatte er ja am Anfang auch schon; vermutlich passt hier durch die weichen Federn das Gemisch nicht mehr und es ist viel zu mager/zu fett und zündet dann nicht mehr.